跑步的时候膝关节疼，可能与肌肉韧带拉伤、肌肉紧张、筋膜炎、关节囊、半月板损伤等因素有关，患者可以通过药物治疗、物理治疗、医学检查、手术治疗等方式恢复。具体情况分析如下：
患者可以热敷患处，以促进血液循环，还可以外用扶他林或云南白药喷雾剂。如果疼痛比较严重，可以服用西乐葆等镇痛药物，也可以在医生的指导下进行股四头肌锻炼、理疗、针灸等，如果症状没有缓解，则需要做磁共振检查，如果积液比较多或者有其他损伤，患者还需要用关节镜进行清理。