甲下外生骨疣的病因不明，可能与创伤、慢性感染等因素有关。本病多见于儿童和青年妇女，可由慢性刺激引起。
1.创伤：甲下外生骨疣主要原因为创伤，大多甲下外生骨疣患者曾有外伤史，主要是因为外伤看会导致纤维组织化生，继而发生骨化。
2.慢性感染：甲下外生骨疣也可能是慢性感染引起的，长期的刺激如摩擦、挤压、踩踏等引起慢性感染，可能导致甲下外生骨疣。。