肱骨外科颈骨折后保守治疗40天了睡觉老是疼的原因有：1.肱骨外科颈骨折后，软组织和骨膜发生损伤，保守治疗40天后损伤尚未完全恢复，因此会有睡觉老是疼的症状出现。
2.肱骨外科颈骨折后保守治疗40天，需要对患者肩部进行固定制动，肩部容易因此产生粘连和瘢痕，并出现肩周炎，因此会导致患者在睡觉时出现疼痛症状。