下颌骨囊肿的形成，多与牙齿的畸形发育以及相关的疾病有关。
下颌骨囊肿在临床上也称为牙源性颌骨囊肿，常见的有根尖周囊肿、始基囊肿、含牙囊肿、牙源性角化囊肿等类型。其中，根尖周囊肿是一种牙齿病源性的囊肿，一般是龋坏使牙髓坏死后，炎症扩散出根尖孔后形成的。而其余三种囊肿，一般都是牙齿在发育的过程中，部分解剖结构产生异常，未退化完全造成的。