一般情况下，膝关节脂肪垫疼痛，可以通过以下几种方法进行治疗：
第一、手法松弛股四头肌等肌肉，使关节局部压力减轻，能够缓解脂肪垫疼痛症状。每次30分钟，15日为一疗程。
第二、脂肪垫局部外敷复方南星止痛膏或氟比洛芬凝胶贴膏，可以缓解局部疼痛并减轻炎症反应，还可使用抗炎镇痛类的药物改善，比如双氯芬酸钠、布洛芬。
第三、手术治疗，膝关节髌下脂肪垫损伤特别严重时，还可考虑进行手术治疗，比如髌下脂肪垫切除手术。