代谢性骨病的病因是因先天或后天性因素破坏或干扰了正常骨代谢和生化状态，导致骨生化代谢障碍。引起代谢性骨质疾病的原因主要有：
1、先天性遗传因素：成骨不全、大理石骨病、低磷酸酶症、Paget骨病、骨髓纤维化等是常染色体显性遗传、隐性遗传、X连锁遗传等。
2、后天获得性疾病：指的是后天的生活方式、药物或疾病，比如钙的缺乏、维生素D的缺乏会导致骨质疏松，阿德福韦酯引起的骨质疏松、肿瘤引起的骨质软化、糖尿病、甲亢、类风湿性关节炎、SCLE红斑狼疮、强直性脊柱炎等。