低头腰疼的原因有肌肉紧张、神经损害等。具体有以下原因：
1、低头腰痛是因为肌肉紧张，低头时整个背部的伸肌群都会紧张，会拉到整个颈、胸、腰。
2、如果有某些神经症状，比如锥体束的损伤，那么低头后就会感觉到疼痛。
如果只是单纯的低头腰疼，没有其他的内部因素，也有可能是因为肌肉的过度牵拉、紧张的原因，比如骶棘肌，在颈部是一个止点，起始于骶背部，腰骶髂后上棘。