骨囊肿与骨结核可以通过穿刺检查进行鉴别。骨囊肿是一种膨胀的溶骨性破坏，一种是没有规律性的溶骨性破坏。经穿刺检查，发现有脓液，而骨囊肿则有透明的液体。其次是关节下骨囊肿，又称软骨下骨囊肿，例如髋关节软骨下骨囊肿，主要是因为关节软骨上有孔洞，关节压力增大，导致病变逐渐增大。为了避免复发，必须进行病变的切除和植骨术。