一般情况下，怀孕40天药流是否安全，与女性的具体情况有关。如果女性40岁以下，不存在其他疾病，怀孕40天，且是宫内妊娠，药流是比较安全的；如果女性年龄过大或过小，药流有一定的危险性，此外，曾经患有或者目前患有比较严重的心脏病、贫血、哮喘、青光眼等病种，或者存在肝肾功能不全、过敏体质的情况，这类女性一般不适合使用药物流产，因为以上一般属于米非司酮片、米索前列醇片等药流药物的禁忌症。