通常情况下，停经41天B超一般能在宫内看到孕囊。因为正常的情况下，怀孕40天以后患者就可以通过超声检查在子宫之内观察到孕囊。但是如果患者月经平时有延迟的切开，可能这时怀孕，胚胎刚刚着床不久，进而导致超声检查可能还看不到孕囊。所以检查B超的时间，还需要根据月经周期是长还是短，再结合怀孕的时间进行判断。如果没有看到，也不一定是异常，需要暂时观察，一周后再进行复查。