霉菌性食道炎可通过使用药物进行治疗。霉菌性食管炎主要是由白色念珠菌入侵食管黏膜，而形成的一种溃疡性伪膜性感染所致。主要是给予抗真菌治疗，胃镜发现的时候可以喷洒药物，起到杀菌的作用，而且副作用也比较小。平时不要滥用抗生素和激素药物，治疗使用中药常见有锡类散、云南白药、大蒜素等，西药常见有制霉菌素、二性霉素B、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑等，对抗霉菌治疗均有效。