月经干净以后出现小肚子疼痛有可能是盆腔有炎症，也可能是因为子宫内膜异位症、盆腔肿瘤等原因导致的。另外有一些内科疾病也可能会导致小肚子疼痛，比如说慢性肠炎或者是泌尿系统的疾病，也会出现这种相应的症状。建议患者最好及时到医院去做妇科检查，如果有妇科疾病应积极治疗，如果排除了妇科疾病所引起的小肚子疼痛，患者可以去消化内科或者是泌尿科进行检查和治疗。