通常情况下，有孕囊是可以进行药物流产的，但是患者必须在医生指导下根据孕囊的大小选择合适的时间。孕囊大小一般需要是1.5-2.0cm之内，进行药物流产效果才会比较好。如果孕囊低于1cm，有可能会到之后药物流产失败。另外如果孕囊超过2cm，药物流产的药效不够，可能会造成流产不全的情况。因此患者必须要及时到医院进行观察，在医生指导下进行药物流产，判断孕囊是否成功排出。