有霉菌性阴道炎，可能是会影响流产手术。因为进行流产手术需要经过阴道，在手术操作的过程中，可能会把阴道中的细菌带入到宫腔内，导致宫腔感染，在流产后患者会出现发烧、炎症感染等症状，甚至会引发盆腔炎、附件炎等妇科疾病。因此患者需要先治疗霉菌性阴道炎，使用阴道塞药和口服药配合治疗，病情得到基本控制后再进行流产手术，才能够在术后恢复的更好。