药流孕囊排出后肚子疼可能是正常现象，当患者使用药物流产后，此时孕囊排出就会出现生理性的腹痛。主要是子宫黏膜脱落，子宫内膜受损，阴道出血。建议患者出现这种情况可以通过喝水热，注意保暖，配合服用新生化胶囊、益母草颗粒，调节体内激素水平。如果上述方法无效，患者疼痛时间较长，建议立即去医院进行B超检查。如果B超检查没有出现宫腔残留物或者继发细菌感染，不需要担心和采取其他干预措施。