怀孕40天药流和人流哪个伤害小，无法比较。二者都会对身体产生一定的影响，不能机械的认为哪个伤害小。药流适用于停经49天以内的宫内孕。药流的好处是如果服药之后胎囊可以排出，复查彩超也没有残留，那么可以避免人工流产对子宫内膜的损伤，可以避免术后宫腔粘连的发生。但是如果没有顺利的排出或者复查彩超有残留，是有可能需要清宫的，那么就和人工流产的操作方式基本类似。而且药流由于出血时间长，可能增加感染的风险。人工流产的好处是可以速战速决的解决问题，适用于孕10周以内的宫内孕。但是术后可能会引起宫腔粘连。无论人流和药流，术后都有出血、感染、二次清宫、月经不调、继发不孕的风险。