吃完避孕药第二天小肚子疼可能是患者本身有炎症，应该与吃避孕药无关；也可能是患者同房以后引起的轻微腹痛不适，一般这种疼痛可以慢慢缓解，这是因为同房时外力作用使子宫附件轻微移位而引起，慢慢恢复以后疼痛不适也会消失，不用处理，先注意腹部保暖观察几天。还有可能是避孕药的主要成分就是激素，可能会刺激胃肠道引起不适。