卵巢囊肿48mmx36，手术时是不是要切除卵巢取决于卵巢囊肿的性质。如果卵巢囊肿是良性的，是不需要切除卵巢的，只需要将卵巢囊肿从卵巢中剔除就可以了。但如果卵巢囊肿是恶性的，不仅需要切除卵巢，还需要切除子宫，输卵管，然后进行淋巴结的清扫。而卵巢囊肿性质的判断需要结合核磁共振检查、超声检查，以及术中冰冻病理共同决定。