生理性卵巢囊肿可能会疼，也可能不会疼。生理性的卵巢囊肿位于卵巢表面，在剧烈活动之后，剧烈房事后或者做过某些医疗操作之后，可能会发生囊肿的破裂或囊肿蒂扭转，这时候会出现剧烈的下腹疼痛，这属于一种急腹症，患者需要及时到急诊进行治疗。生理性囊肿在不发生破裂和蒂扭转的时候，患者一般没有明显的自觉症状，是不会出现疼痛的。