通常情况下，卵巢囊肿手术可能会影响怀孕，也可能不会。具体分析如下：
卵巢囊肿手术是否影响生育与囊肿的大小以及手术方式有很大的关系。如果是单纯的良性囊肿，并且不大，通常不会影响患者怀孕。但是如果卵巢囊肿较大，在做手术时可能就会损伤到周围组织，如输卵管，子宫等，所以这种手术可能会影响怀孕。有时处理恶性的卵巢囊肿，可能会把同侧的附件也同时切除，那么就会导致怀孕的概率降低。