月经干净两天做妇科的检查是可以的。妇科检查和妇科手术，是需要月经干净3到7天之内进行，比如放置宫内节育器和取出宫腔内的节育器。
因为这个时间段月经干净，子宫内膜没有增生到一定的程度，处于一个月经周期的早卵泡期。
但是月经干净两天也是可以的，因为这个要求不是绝对的严格。如果出现不适的症状，建议配合医生积极治疗。