停经45天B超没有发现孕囊一般有三种可能。一种可能是其实没有怀孕。如果患者怀疑自己怀孕了，可以做人绒毛膜促性腺激素的测定。第二种可能是怀孕的时间比较短。正常情况下怀孕35天能在B超上见到孕囊。如果怀孕的时间比较短，在停经45天时B超没有见到孕囊是正常的。第三种可能是宫外孕。一般是孕囊种植在子宫体腔以外，不容易被发现。如果是在通过抽血检查确定怀孕的情况下，可以一周以后再次复查超声。。