通常闭经性头痛的病因可能是女性雌激素水平变化、前列腺素的释放、遗传等因素相关。
1、雌激素水平：女性雌激素水平偏低，可能会增加偏头痛的发生率。因为雌激素可能会影响神经递质，从而改变大脑内血管活性肽类物质含量，导致头痛发作。
2、前列腺素的释放：经期雌、孕激素的降低可能会使、前列腺素释放，而过量的前列腺素可能会引起头痛症状。
3、遗传因素：部分女性因激素变化而容易引发头痛可能是头痛家族遗传史导致的。