通常女性子宫纵隔考可能是先天发育中，双副中肾管融合中受阻导致的。
一、主要病因
子宫纵隔是自身发育异常而引起的子宫畸形，通常是人体胚胎在其发育过程中，两侧的副中肾管间纵隔但没有被吸收而形成的腔化不全，主要表现是宫底有一个结缔组织为主的脊突向宫腔，双宫角深邃。
二、诱发因素
女性生殖器官在胚胎期发育形成过程中，如果服用雌激素，或是基因、染色体异常，可能会导致发育异常。