如果人工流产后第三天流咖啡色分泌物，一般是在流产的过程中，子宫内膜出现了感染造成的，因为在人工流产过程中，很可能会对局部造成一些损伤，从而导致细菌感染的情况，如果这些细菌诱发子宫内膜炎，就容易形成咖啡色的分泌物。此外在人工流产的过程中，如果对局部血管造成了损伤，也会导致一些正常的分泌物中混杂着血液，这种情况一般有五天左右能够缓解。