月经期长时间不干净的原因需要结合患者的年龄、月经史、婚育史以及避孕措施来考虑。首先要排除妊娠，是否存在引起异常子宫出血的器质性病变，包括生殖器肿瘤、感染，血液系统以及肝、肾、甲状腺疾病等，了解疾病经过和诊疗情况。
少数女性出现不排卵、月经紊乱，失去正常的周期和出血自限性而导致出血时间比较长，表现为长时间的月经不干净。