新生儿甲状腺功能异常发生后，应选择甲状腺激素片进行补充和替代治。
但治疗前，最好先熟悉新生儿甲状腺功能衰竭是甲状腺功能减退，还是甲状腺功能亢进。甲状腺功能减退时，机体代谢速度过慢，出现粘液水肿，心率减慢，影响患儿智力。因此，及时补充甲状腺激素，抑制甲状腺功能变化至关重要。部分患儿需要长期用药，此时对长期用药，有基本用药标准。