甲状腺穿刺有副作用，具体情况如下：
1、可能会出现疼痛。甲状腺细针穿刺的疼痛比较轻微，但如果患者有心理障碍，就会非常感受到疼痛。这种情况下，可以应用止痛药，例如双氯芬酸钠栓或其他口服缓解疼痛的药物。
2、出血、有创细针穿刺可能导致出血，如甲状腺细针穿刺时甲状腺组织脆弱薄，穿刺容易出血，出血后也容易合并感染，这也是临床常见的不良反应之一。
3、甲状腺细针穿刺不良反应也考虑准确性问题。例如，小于1cm的甲状腺结节在穿刺时往往位置不准确，可能导致错误，也可能无法检查必要的病理结果。