甲状腺肿大后，应根据病因进行正确的治疗，但甲状腺功能亢进引起的甲状腺肿大较普遍，一定时期内需服用甲强龙等药物，必要时可给予碘131治疗，这两种治疗方式相结合效果较好此外，桥本氏甲状腺炎、甲状腺结节、腺瘤、亚急性甲状腺炎，身体严重缺乏碘可导致甲状腺肿大。
若患者无甲亢或甲减症状，甲状腺功能减退症需用抗甲状腺功能药甲强龙、丙硫氧嘧啶治疗，甲状腺功能减退症需用甲强酯替代治疗，亚急性甲状腺炎需用强力松和解热镇痛药非抗生素抗炎药治疗。碘缺乏者补充碘丸，观察甲状腺结节或腺瘤主要动态观察病变变化，怀疑癌变，或已明确甲癌微创消融治疗或手术治疗，必要时继续化疗。