大部分先天性甲状腺功能低下不能治好。
先天性甲减的病因，75%是甲状腺发育不全，此外还包括甲状腺激素合成障碍、中枢性甲减。因此，先天性甲状腺功能减退症的大部分不能完全治愈，但也有新生儿能完全治愈短暂性甲减，所占比例不足10%。先天性甲状腺功能减退症患者经明确诊断后，应积极治疗，定期评估，评估是否为永久性甲减。首次甲状腺扫描提示甲状腺异常或缺损，诊断为永久性甲减，不能治愈。早期促甲状腺激素小于50mU/L，新生儿出手后甲状腺刺激激素不升高是，3岁时可试验性中止治疗，如果中止治疗后甲状腺刺激激素升高，则认为是永久性甲减。