目前甲状腺穿刺活检不是穿刺组织活检，而是甲状腺穿刺液细胞学检查，与活体组织检查略有不同，准确率约在95%以上。
穿刺细胞学诊断后，临床医生根据细胞学诊断结果进行手术病理组织切除，病理组织切除后进行病理组织学检查，根据两者检查结果判定细胞学诊断和组织学诊断是否一致，若两者一致，细胞学诊断正确。目前许多医院在针吸细胞学穿刺的同时还进行基因检测，细胞学检查与基因检测相结合可以大大提高准确率。