甲状腺疾病不同，病因不同，先天性甲状腺发育异常、甲状腺手术破坏或自身免疫损伤可导致甲减。甲状腺功能亢进无论是自身免疫性的弥漫性甲状腺肿，还是多结节性甲状腺肿都会出现甲状腺功能亢进症，甲状腺肿也会引起甲状腺功能亢进症。
甲状腺癌是由各种甲状腺疾病通过遗传或环境因素的共同作用引起的。甲状腺结节不仅仅是疾病的诊断，它只是临床症状。地方性甲状腺肿是饮食中碘摄入不足引起的，各种甲状腺炎症是病毒感染和自身免疫性的原因。甲状腺疾病的病因非常复杂，需要找出病因进行相应的治疗。