甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润，可观察或中医及内科治疗；
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议给予内分泌治疗；
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿发生；
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时治疗手术；
5、射频治疗是一种新的治疗方式，可以作为方案的替代，但不建议。