甲状腺过氧化物酶抗体高的是自身免疫性甲状腺损伤，或称为自身免疫性甲状腺疾病的疾病。
这种抗体是人体自身的白细胞攻击自己的甲状腺组织导致的抗体上升。如果将甲状腺细胞作为细菌或病毒进行攻击或去除，就会产生相应的抗体。甲状腺过氧化物酶抗体实际上是白细胞，是甲状腺非常重要的酶，过氧化物酶抗体会降低甲状腺细胞的过氧化物酶活性，引起甲状腺细胞的慢性损伤，进而导致甲状腺细胞死亡。