对于慢性甲状腺炎的治疗，目前的治疗方式主要基于患者的具体症状。
有些疾病需要用补充甲状腺激素的药物来治疗，例如处于甲状腺功能低下期的桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎的患者，需要用补充生理量的左甲状腺激素片处理。有些患者需要受体阻滞剂治疗。例如一些患者恐慌等症状比较严重，有些患者处于甲状腺炎甲状腺功能亢进期。这种情况下，不需要抗甲状腺功能亢进症的治疗，加入普萘洛尔片等减慢心率的药物进行处理，可以改善患者的恐慌症状等。