甲状腺疾病主要分为三大类：
第一类：甲状腺功能异常，包括甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退。甲状腺功能亢进症包括原发性甲状腺功能亢进症和中枢性甲状腺功能亢进症，甲状腺功能减退还包括原发性甲状腺功能下降和中枢性甲状腺功能下降；
第二类：甲状腺炎症、甲状腺炎症抑制性不同，其中根据病程可分为急性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎和慢性甲状腺炎；
第三类：甲状腺结节、甲状腺结节分为良性结节和恶性结节，通常良性结节无明显压迫症状，无需治疗手术。甲状腺恶性结节又可分为分化型甲状腺癌和髓样癌，以及未分化甲状腺癌。