甲状腺疾病可根据需要选择穿刺的方法，进一步明确诊断。所有的医学处置都有创操作，有可能出现并发症和后遗症，穿刺常见为穿刺部位感染，患者有明显疼痛，进而发热，检查站有明显炎症反应，必要时需抗感染治疗。
穿刺术后局部可能疼痛，一般能耐受，逐渐减轻。恶性病变穿刺过程中，可引起肿瘤细胞移植性转移，但发生率非常低。穿刺过程中也容易引起邻近组织的副损伤，包括神经和血管损伤，患者也出现感觉异常。甲状腺供血非常丰富，严重时可能会导致血肿。