甲状腺疾病大部分比较容易治疗，如甲状腺功能减退症，一般给予左甲状腺激素钠片治疗，维持甲状腺功能合理范围即可。
甲状腺功能亢进症目前的标准治疗方法有抗甲状腺药物治疗、碘131治疗和手术治疗，一般可采用上述三种治疗方法治愈甲状腺功能亢进症。对于桥本甲状腺炎，甲状腺功能正常时，一般只需低碘饮食，若发生甲状腺功能减退症，给予左甲状腺激素片治疗。一些甲状腺恶性肿瘤通常预后非常好，立即给予手术即可。