新生儿甲状腺功能异常，应采用以下方法处理：
1、首先，应用甲状腺激素补充疗法。新生儿甲状腺功能异常包括新生儿甲状腺功能减退和甲状腺功能亢进。最常见的是新生儿甲状腺功能减退症，儿童患有甲状腺功能减退症时，会引起体内新陈代谢率过慢，出现粘液性水肿、心率减慢，影响儿童智力，应及时补充甲状腺激素片。
2、其次是抑制甲状腺的作用，甲状腺功能亢进的话，眼睛会飞出，心率会加快，所以要积极地抑制甲状腺的作用。