双侧甲状腺次全切除术有以下不好的影响：
1.主要是甲状腺切除术后的近期影响。首先，有局部切开感染的风险。另外，如果局部伤口止血不充分，伤口渗出大量血，可能会出现较严重的局部血肿，压迫气管导致窒息。
2.甲状腺切除可能伤及附近喉上神经和喉返神经，造成声嘶等后遗症。
3.甲状腺切除术后终身甲减。甲状腺是分泌甲状腺激素的器官，切除后甲状腺激素分泌的器官消失，激素水平自然下降，形成甲状腺功能减退症。