手术均有风险，甲状腺囊肿手术相对危险程度较低，常见风险为手术中出血、感染、麻醉事故。
手术后可发生继发甲状腺功能减退，如上喉神经损伤、喉返神经损伤、甲状旁腺损伤等，手术综合评估病情，一般甲状腺囊肿不考虑手术治疗。如果生长快，可以考虑甲状腺穿刺抽取治疗的方法。一般提示甲状腺实性结节生长快，对周围组织有压迫，超声提示可能为恶性，考虑手术治疗，术后补充甲状腺激素。