甲状软骨囊肿是甲状腺常见的囊样病变，较小甲状软骨囊肿多无明显临床症状。但甲状软骨囊肿患者存在甲状腺功能异常，可能伴有焦虑、躁动、易怒等甲状功能亢进症状，以及乏力、精神萎靡、萎靡、下肢肿胀等甲状腺功能减退症状。
通常体积在4厘米以上的甲状软骨囊肿有明显的压迫症状，患者呼吸困难、吞咽困难。大囊肿受喉返神经压迫时，出现声嘶等相关症状。