幼儿甲状腺功能低下原因如下：
1.甲状腺先天性发育不良甚至缺失：属于幼儿胚胎等时期的不良因素，会引起甲状腺发育不良，导致甲状腺激素产生减少。
2.甲状腺激素生成障碍、转运障碍、甲状腺作用组织相关受体功能缺陷：这表现为甲状腺激素生成、转运、起效三个环节出现异常，血液中甲状腺激素水平下降。
3.暂时性甲状腺功能减退：幼儿因早产、低体重、幼儿母亲孕期服用抗甲状腺药物等因素，其童甲状腺功能受到抑制。
4.地方性碘缺乏：这种情况起因于地理环境，是该地区土壤和用水中碘含量过少造成的，俗称大颈病。
5.自身免疫性疾病：自身体内产生甲状腺抗体，破坏甲状腺组织，导致甲状腺功能下降。