急性甲状腺炎是由细菌、病毒、真菌等感染引起的急性化脓性炎症。治疗上要支持治疗，加强营养，注意休息，高热要进行补液和降温治疗，同时经验性进行抗生素治疗，穿刺病原体，穿刺物进行菌培养和药物敏感性试验，根据药物敏感性试验结果选择抗生素抗炎治疗。
急性甲状腺炎合并基础性疾病或免疫缺陷的患者，需要抗炎疗程长，抗炎疗程2-3周。同时治疗基础性疾病，提高机体抵抗力，促进急性甲状腺炎的愈合速度，甲状腺脓肿形成需行手术切开脓肿排脓治疗。检查发现梨状疮孔导管形成患者，手术切除疮孔导管，防止感染复发。