双侧甲状腺多发囊肿的治疗方法如下：
一、甲状腺多发囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，建议患者暂时无需特殊处理。
二、甲状腺多发囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩超检查提示囊肿有纵横比大于1且明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性囊肿病情较严重，建议患者及时治疗手术。