甲状腺功能全套检查可检查甲功五项，包括总T3、总T4、游离T3、游离T4及促甲状腺激素TSH，还可查阅降钙素、甲状腺球蛋白及甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体及促甲状腺激素受体抗体甲状腺的三种抗体。临床上不鼓励所有患者检测甲功全套，而是根据病情选择项目进行检测。
甲状腺功能减退的患者如果想确定甲状腺激素替代是否合适，检查甲功五项足以说明问题。对于甲亢患者，可定期检测促甲状腺激素受体抗体，即TrAb，以确定病情是否缓解。如有甲状腺结节，需行降钙素检测排除甲状腺髓样癌。如果患者有甲状腺肿瘤，术后复查除甲功五项外，还需检查甲状腺球蛋白以确定肿瘤是否复发。