甲状腺手术后嗓子疼的常见原因如下：
1、插管致气道损伤：甲状腺手术常需全麻，采用吸入静脉复合麻醉，麻醉药物暂停呼吸中枢，必须气管插管，呼吸机辅助通气。气管插管时，可能对咽部粘膜造成损伤，粘膜损伤后易受刺激，手术后引起喉咙痛症状，有时还伴有吞咽痛。
2、术中损伤喉部神经：甲状腺手术过程中，因操作不当，损伤周围喉返神经或喉上神经，手术后喉咙疼痛，可能伴有声嘶、饮水呛咳等症状。
3、扁桃体炎：甲状腺手术持续时间长，扁桃体可能发生病原体感染，扁桃体发炎，嗓子疼痛，也可伴有头痛、发热、畏寒等症状。