甲状腺功能不正常的原因有很多种，甲状腺是合成和分泌甲状腺激素，作为身体的辅助动机，不足可以表现为甲减，甲状腺激素分泌过多则称为甲状腺功能亢进症。
无论是甲状腺功能亢进症还是甲减症，最常见的原因是自身免疫的损伤，每个人都是免疫系统，应该保护机体。免疫系统对机体，特别是甲状腺某些组织，一旦识别为敌人，就会发生防御反应，产生促甲状腺激素受体抗体这样的自身抗体，可以伪装成促甲状腺激素刺激甲状腺增生，且工作显著加快，合成大量甲状腺激素，引起甲状腺功能亢进症。