甲状腺多发性囊肿多为良性，无明显临床症状，常规随访观察即可。
如果甲状腺囊肿的大小一直没有变化，通常不需要治疗干预。如果甲状腺囊肿持续增大，有囊肿内出血的危险，在这种情况下应采取治疗措施。浅表直径小于3cm的小囊肿，采用非手术方法进行局部穿刺抽吸后进行无水乙醇灌注冲洗，无水乙醇保留1-2mL即可。该方法创伤小、痛苦少，但有继发出血的风险。甲状腺深部囊肿或直径大于3cm时行手术切除效果较好。