淋巴细胞性甲状腺炎并不是一种严重的疾病，预后往往较好。
淋巴细胞性甲状腺炎是一种病程较长的疾病，多为终身性疾病。早期甲状腺功能正常不需要特殊治疗，后期发展为甲状腺功能减退症需要优甲乐替代治疗，甲状腺功能维持在正常范围。过量碘会加重淋巴细胞性甲状腺炎引起的甲减，建议淋巴细胞性甲状腺炎患者应适当控制碘的摄入。发展为甲减，必须终身服药替代治疗，不得擅自停药。